Já dělám reinstall tak, že multimedia atd. mám na jiném filesystému kterého se přeinstalace nedotkne, pouze ho pak zase připojím jako mount point. Zataruji /home a /etc (případně u serverů /var/lib nebo /opt) na jiný filesystém a vím, že nemusím myslet na to co jsem zapoměl vyzálohovat. Nechávat celý /home, to mi přijde......ehm, no určitě ne, systém přeinstalovávám mimo jiné i proto abych se zbavil bordelu a ne abych si to zase hned zasvinil
Po čisté instalaci nastavím prostředí podle momentálních nebo zažitých představ a podle toho co vím, že budu používat vyzobu ze zálohy potřebné z /etc a /home. Vím, že když narazím na něco co jsem zapoměl, mám to kde vzít a přesto mám "čistý systém". Tar pak sbalím a nechávám si 3 zpětně (/etc nezabírá nic, /home je u mě nejvíc nafouklý thunderbirdem). Jinak nevím o aplikaci která by rozlišovala data podle 32 nebo 64bit, takže tím bych netrápil.