U mne se stalo něco podobného, přenášel jsem systém z reálného počítače pod virtual box.
Použil jsem aktualizaci z instalačního DVD, ta si dohrála vše potřebné i doplňky pro virtualbox, jenže pak nenaběhlo grafické prostředí.
Po startu v bezpečném režimu jsem nalezl, že v /var/log/Xorg.0.log je chybová hláška
(II) vboxvideo: kernel driver found, not loading.
protože jsem nenašel nikde postup jak to odstanit, jsem provedl porovnání s fungujícím virtuálem a našel jsem, že instaler sice nahrál vše potřebné, ale chyběl mi soubor /etc/modprobe.d/vboxvideo.conf ve kterém je jediný řádek
options vboxvideo modeset=0
takže jsem ho založil a napsal ta kouzelná slovíčka a uložil (spustil jsem si mc a tam už jsem to nějak spáchal)
pak jsme dal reboot a zázrak, naskočilo to a funguje.